来自宇宙中的Bratcher星的拥有黑暗能量的三人组到达了地球，将能量附身于蒸汽机车上从而获得了拥有自我意识且可以变身的机械生命体，其为了实现“将世界笼罩在一片黑暗之中”的目的，决定首先以日本地区为中心展开他们的黑暗大作战。为了阻止这一邪恶野心，维护正义的火车侠们从Hikarian星远道而来，于是围绕着火车侠们与黑暗军团之间的正邪之争开始了。
在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！ 千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！ 为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
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