和他同乘一班列车的少女桂言叶（冈嶋妙 配音）让伊藤诚（平川大辅 配音）久久不能忘怀，两人看似遥远的距离被日复一日的电车生活慢慢拉近了。在青少年间有一个传说，如果把喜欢的人的照片设置成为手机背景并且3个星期不被人发现的话，就可以实现成为恋人的愿望，虽然诚并不相信，但为了抒发他对言叶的感情，他仍然照做了。诚的同桌西园寺世界（河原木志穗 配音）发现了诚的秘密，热心的她决定帮助诚达成他的愿望。但在这过程中，西园寺世界发现自己对诚的感情有了微妙的变化，看着满眼只关注着言叶的诚，西园寺世界的心情非常复杂。
　　诚终于向言叶坦白了自己的心情，两人相约在车站见面，然而满心欢喜来到车站的诚却发现，等待着自己的是西园寺世界。天生优柔寡断的诚无法妥善的处理这复杂的三人关系，一系列不负责任的错误选择把诚推向了无法挽回的悲剧之中。

　　表面上看来，东云名乃（古谷静佳 配音）是一个外表可爱又有点天然呆的黑发女孩，可是，她背后醒目的发条暴露了她的真实身份——由博士（今野宏美 配音）所改造的少女机器人。虽然对于自己背后的发条感到十分自卑，但博士总是以其非常可爱为由拒绝帮助名乃进行改造。
　　在名乃就读的1年纪Q班中，汇聚着名乃的诸多好友们——个性过于活泼以至于经常暴走的相生祐子（本多真梨子 配音），常常陷于对同性恋情的幻想之中的美术型女生长野原美绪（相泽舞 配音），以及外表沉默安静内里腹黑毒舌的三好学生水上麻衣（富樫美铃 配音）。就这样，经常处于脱线状态的日常和激烈的吐槽在这三人之间展开了。

我是圭太，一名正准备中考的学生。                                    
我正在一对双胞胎姐姐的帮助下努力学习。                                    
但该说是幸福呢还是不幸呢，两人都超积极！                                    
而且都是回头率十分高的美少女。                                    
究竟这禁忌之恋能否实现呢？……                                    
啊不是！是能否考上高中呢！？                                    
当初圭太虽表现得很讨厌，但逐渐和双胞胎姐姐亚香、理香的距离缩短了……                                    
在姐姐们各自的要求下，嘴唇曾几次互相重叠。                                    
在不知不觉间已向禁断的二等边三角关系迈进……                        

初三学生住之江圭太（武内健 配音）是一个普通的少年，但是，从双胞胎姐妹住之江亚香（竹达彩奈 配音）和住之江理香（巽悠衣子 配音）介入他的命运开始，他将彻底的摆脱曾经平凡的生活。亚香擅长家务，是个容易害羞的女孩，优秀的成绩让她有了能够接近圭太的理由。理香和姐姐正好相反，有些笨手笨脚的她一沾酒精即醉，在体育方面却有着过人的实力。姐妹两人唯一的共同点，就是在表达感情方面意外的热情和大胆，常常令圭太不知所措。                                    
                               　　一开始，姐妹两人的大胆举动常常让圭太感到头痛，但是，随着时间的流逝，理香和亚香的身上，都展现出了让圭太为之着迷的特质。同时，圭太正面临着一个严峻的问题，姐妹两人，他究竟该选择谁呢？

　　故事发生在遥远的二零二零年，在同神秘生物“原肠动物”的战争中，人类首次尝到了彻底失败的滋味，土地被剥夺，权利被压榨，在冷酷的独裁统治之下，人类被迫过起了苟且偷生的压抑生活。然而，即便如此，坚强的人们仍然没有放弃反抗的机会，为了对抗强大的敌人，“天童民间警备公司”成立了。
　　表面看来，里见莲太郎（梶裕贵 配音）只是一介平凡的十六岁告众人，可实际上，他年纪轻轻就已经成为了“民警”中的一员，在搭档蓝原延珠（日高里菜 配音）的帮助下，莲太郎决定要找到莫名死亡的父母的真正死因。一个绝密任务的出现将莲太郎带往了巨大谜团的中心，在危险和杀戮之中，他最终会得到怎样的真相？

畑耕作（浅沼晋太郎 配音）是一个平凡的男生，毕业后，他升入了岐阜县立田茂农林高等学校继续深造。让畑耕作没有想到的是，自己一直疯狂崇拜的美少女偶像草壁幽香（田村由加莉 配音）竟然成为了新来的转校生，然而，和电视上的活泼开朗不同，眼前的这个女孩面无表情甚至有些冷淡，在她的身上，究竟发生了什么事情呢？                                    
                               　　除了草壁幽香外，畑耕作的身边还活跃着许多性格迥异的同伴们——身材火爆个性开朗的青梅竹马中泽农（花泽香菜 配音）、英俊又自恋的过真鸟继（羽多野涉 配音）、傲娇的千金大小姐良田胡蝶（井上麻里奈 配音）等，在他们的陪伴下，畑耕作多姿多彩的学习生活就此展开。

故事发生在人类和魔物共存的城市林德·沃尔姆，格伦（土岐隼一 配音）是活跃在此的一名新人医生。对于自己的事业，格伦有着崇高的追求，虽然年纪轻轻的他并没有什么丰富的医疗经验，但他总是用自己的一片真心去对待手下的患者，无论这些患者有多么的“奇形怪状”。                                    
                               　　在行医的过程中，格伦结交了许多好友——深深爱慕着格伦的半人马千金大小姐缇萨莉亚（布里德卡特·塞拉·惠美 配音）、拥有动人歌声爱财如命的人鱼姬露菈菈（藤井雪代 配音）、成熟美丽却举止怪异的服装设计师阿拉涅（嶋村侑 配音）和拥有巨大的权利和极小的声音的龙女斯卡蒂（种﨑敦美 配音）。

　　2095年10月31日。
　　未观测的战略级魔法，将朝鲜半岛南端的军事都市及舰队消灭了。
　　自从被称作《灼热的万圣节》的那一天开始，
　　世界因新的战略级魔法师登场而震撼。
　　其中拥有「世界最强的魔法部队」STARS的北美利坚合众国（USNA）感觉到日益强烈的危机感，
　　为了揭露未观测的战略级魔法以及使用这一魔法的魔法师的真面目，而积极地在暗中行动。
　　约两个月后的12月24日。
　　就在整座城市因圣诞节的饰品和灯饰而变得热闹非凡之际，
　　达也等人为了给准备前往美国交换留学的雫饯行，而聚集在艾尼布利榭。
　　雫前往美国的期间是三个月。根据雫所说，和她交换来到第一高校的，
　　是和她同龄的女孩子。
　　与此同时，在USNA的STARS基地，一名少女正准备前往第一高校展开潜入调查。
　　她的名字是安洁莉娜·库都·希尔兹。
　　她身为STARS历代最年轻的总队长，
　　是操纵战略级魔法重金属爆散的USNA最强魔法师——。

　　位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

　　电击文库最畅销的轻小说《魔法禁书目录》曾在2008年10月由J.C.Staff改编成同名TV动画并大获好评，其外传《某科学的超电磁炮》也于09年10月改编成TV动画，相信不少观众早已拜倒在炮姐裙底的安全裤上。5月20日从日本著名的映像出版会社TSUTAYA传出了2010年秋天动画二期的图片。

　　自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。

　　近卫昂（井口裕香 配音）家世世代代都作为凉月家的管家而存在，以此与凉月家族形成了深厚的羁绊。可是，管家的职位只能由男子担当，为了延续祖先的传统，近卫昂女扮男装隐藏身份，成为了大小姐凉月奏（喜多村英梨 配音）的管家。
　　坂町近次郎是一个普通的男生，由于童年的遭遇，长大后的次郎开始变得无法从容的面对女性，这一现象一般被称为“女性恐惧症”。由于这种特质，次郎发现了近卫昂的秘密，为了掩盖事实，凉月奏以治疗其恐惧症为条件，要求次郎保守这个秘密。从此，在害怕女性的次郎身边，开始出没大量外形可爱性格活泼的女生，次郎快乐的校园生活正式开始！