趁着高中入学之机，开始了单身生活的主人公夏目智春。他是那种一眼看上去就觉得普通到没什么特色的高中生。但是呢，还是稍微有点和其他人不同之处。那就是，被青梅竹马的少女・水无神操绪的幽灵附体的事——。 搬到了新的住所“鸣樱邸”，打算享受轻松快乐生活的智春。然而，他的愿望却被彻底击破了——一位叫作黑崎朱浬的美女受哥哥所托前来交托一个手提箱，却被以巫女打扮登场的少女嵩月奏前来抢夺…… 而更重要的是，得到这个手提箱的人，有着去追寻“世界隐藏之真实”的责任。
収録されるのは人気エピソード「モンスター」編（約23分予定）。杉元一行VS不死身の“モンスター”のバトルアクションや、“親分”と“姫”の恋物語が映像化される。
◇「恋をしたから脱獄することにした」 “愛され脱獄王”白石由竹の脱獄系純愛ストーリー!! ◇「恐怖の猛毒大死闘！北海道奥地に巨大蛇は存在した！」 杉元・アシㇼパ・白石・尾形一行が道中で遭遇したあるものとは！？
【１】茨戸の用心棒 孤高の凄腕スナイパー・尾形 VS 幕末の英雄・土方歳三！ 血沸き肉踊る抗争劇!! 【２】怪奇！謎の巨大鳥 杉元、アシ(リ)パ、白石が伝説の巨大鳥と遭遇!?
杉元とアシ(リ)パの再会は叶うのか!? 極寒の地で新たな局面を迎える生存競争サバイバル、樺太編が開幕ッッ!!! 網走監獄で繰り広げられた激しい攻防戦の末に、離れ離れになってしまった「不死身の杉元」こと杉元佐一とアイヌの少女・アシ(リ)パ。アシ(リ)パは「脱獄王」の白石由竹とともに、キロランケと尾形百之助によって父の足跡が残る場所・樺太に連れ去られていた。アイヌの金塊を強奪した張本人である「のっぺら坊」が死んだ今、その秘密を解けるのは娘のアシ(リ)パのみ。キロランケの目的は、彼女を連れてかつての仲間である極東ロシアのパルチザンと合流することにあった。 一方、第七師団の鶴見中尉と手を組んだ杉元と谷垣源次郎は、アシ(リ)パを捜索するための先遣隊に志願。月島軍曹と鯉登少尉を同行者として樺太を目指す。北海道よりさらに北に位置する極寒の地で、それぞれの旅路を進む...
Lt. Tsurumi visits Edogai, a taxidermist, in the town of Yuubari. He has a new plan to bring chaos to the war moxia.cc for the tattoo code: he's going to create fake skins that only he can detect.
明治时代后期。别名“不死身的杉元”的日俄战争英雄·杉元佐一，为了某个目的而前往能够发大财的北海道。在那里，有着从阿伊努人手中夺走的莫大藏金这一能够一攫千金的机会。藏金被收监于网走监狱的男人所隐匿，而24名越狱犯身上所刻的刺青则是指示其所在地的线索。此时，遭到棕熊袭击的杉元，被一位阿伊努少女所救。名叫阿席莉帕的这位少女，她的父亲被夺走藏金的男人杀害。不止如此，仿佛与杉元的行动相呼应一般，早就对藏金虎视眈眈的北方最强部队·第七师团以及背负着刺青的越狱犯们的行动也开始浮出水面。以壮阔的北方大地为舞台，这场一攫千金求生行动究竟会如何发展……！？
成熟稳重彬彬有礼的大宫忍（西明日香 配音）、来自英国的留学生少女爱丽丝（田中真奈美 配音）、个性认真智商过人的小路绫（种田梨沙 配音）、活泼开朗大大咧咧的猪熊阳子（内山夕实 配音）、呆萌可爱娇小可人的九条可怜（东山奈央 配音），五个个性迥异但同样善良可爱的女孩顺利的升入了高中二年级。 可是学年刚刚开始，爱丽丝就得到了一个噩耗——忍被分配到了别的班级，不再和她是同班同学了，这让爱丽丝受到了巨大的暴击。虽然不在一个班上课，但五个女孩之间的友情不会有一丝一毫的改变。时间流逝着，充满了意外和惊喜的喜剧继续上演。
大宫忍（西明日香 配音）是一位平凡的十五岁少女，黑瞳黑发，从头到尾，从里到外都是标准日本少女样貌的她，其实有过寄宿在英国家庭的经历。忍的个性成熟而又稳重，温文尔雅，但却又十分执着，有着自己的主意和想法，不会轻易动摇。 回到日本后，忍意外的收到了一封来信，写信的是名叫爱丽丝（田中真奈美 配音）英国少女，她是忍在英国寄宿家庭房东的女儿。爱丽丝告诉忍，这一次，她决定前往日本，来忍家寄宿。追随爱丽丝而来的，是她的青梅竹马九条可怜（东山奈央 配音），拥有典型外国人样貌的她实际上是混血儿。围绕着三位活泼可爱的少女，充满了快乐和温馨的校园喜剧正式拉开序幕。
原作単行本の巻末オマケ漫画をアニメ化した短編 第1期&第2期BDにのみ収録
黑礁将以OVA形式推出第三季，剧情主要以Lovelace家族的女佣、前任哥伦比亚革命军的恐怖份子“弗罗伦西亚的猎犬”-罗贝尔特为主线，收养她的Lovelace家族主人在一起由NSA策划的爆炸中死亡，罗贝尔特为了展开复仇再次走上了血路。6月26日ova1初回放送公开
《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。
