邪电王国的希拉博士因为妒忌人类的超文明，于是向地球进行连串破坏行动。久保田博士下令健太、耕一祈、瞬、千里和杏子变身成电磁战队百万连者，进行对抗邪电的行动。其后，更出现了第六位战士早川裕作，起初新战士不太喜欢电磁战队，后来相处日子越多，感情越深厚。希拉更控制王者魔兽，打算与电磁战队同归于尽。
在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！ 千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！ 为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
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