早阪紫（山田优 配音）是一个普通的高中生，以考上理想大学为终极目标的她每日都奔波在学校和补习班之间。一次偶然中，紫结识了个性超级糟糕，狂妄自大又目中无人的矢泽艺术学院服装设计系学生小泉让二（滨田贤二 配音），“来成为我的模特吧”，让二说出了让紫目瞪口呆的话来。
　　通过让二，紫认识了一群有趣的朋友们。个性单纯天真的幸田实和子（松本真理香 配音）；表面上看起来桀骜不驯，但实际上非常专一可靠的吉他手永濑岚（水谷俊介 配音）以及男儿身少女心的伊莎贝拉（山本大助 配音），在和这些朋友们相处的过程中，紫渐渐的找到了自己人生的目标，同时，她和让二之间，也萌生出了缠绵的感情。

　　这是一个跨越千年的故事。以表演人偶为生的青年国崎往人（小野大辅 配音）行走到了一个海边的小镇。四处游走的往人一直在寻找着“空中的少女”，这是往人的母亲逝世前曾一直对他说的话。原来流传着这样一个故事。有着翅膀的女孩被视为不幸的象征，终日被关在不见光的房间里，直到遇到那个命定的少年。二人就这样相爱了，但这恋情是不被允许的。于是女孩受到诅咒，陷入了轮回之中。往人在小镇里邂逅了少女神尾观铃（川上伦子 配音）。体弱多病的观铃和传说中的女孩极其相似。而他们的相遇如同千年前的那个传说，轮回的齿轮又开始了不休的运作……
　　本片根据Key社著名的同名游戏改编，还有同名剧场版动画。

　　新世纪之初不久某年的夏天，为了与父亲生活，逢泽步来到了距东京2小时火车车程的小镇。
　　步是不去上学的中学生。原因不明。似乎和什么样的理由都沾一点边，但又不是那种理由。觉得无论走到哪、无论做什么都无聊的步，来和父亲度过一个夏天，是因为母亲出的主意。双亲在他还小的时候离婚了，他和父亲也4年没有见面了。步并非积极地响应母亲的提案。对毫无朝气的步，妈妈提出要以买个山地自行车为交换条件，让他去和父亲见面。既然话都这么说了，步也不得不打起点精神。
　　这样步终于到了那个小镇。母亲说步小时曾来过一次，但他一点印象也没有。田菜——在围绕着广阔的水田的山的斜面的，似乎被农家钉子一样点缀着的小盆地。在看见这景象的瞬间，步就后悔来到这里了。因为无论从什么角度怎么看都是不变的田舍，实在是寒酸得要死。
　　然而，这么想可就大错特错了....

1614年，德川家康73岁，年迈的他为了第三代将军继承人人选的问题而烦恼。难以决断的德川家康将决定的权利交给当时势均力敌的两大忍术宗家，它们分别是甲贺流和伊贺流。在前人服部半藏的调解下，曾经水火不容的两家签下了“不战条约”，但在权利和政治的挑拨之下，条约被撕毁了 。                                    
                               　　两家各派出十名忍者，他们要相互残杀直至仅剩一方幸存，而幸存方所支持的对象即可成为下一代将军。其中，甲贺流的头领甲贺玄之介（鸟海浩辅 配音）与伊贺流的头领胧（水树奈奈 配音）在战前曾经是两情相悦的恋人，与此同时，甲贺流与伊贺流的一些成员之间也有着复杂的感情纠葛。但是此时此刻，仿佛被丝线牵引的人偶，他们必须摒弃所有的感情，展开一场血腥残酷的厮杀。

　　美术大学五人组的故事仍在继续。竹本（神谷浩史 配音）结束了寻找自我的单车之旅，在盛放烟火的晚上对阿久（工藤晴香 配音）说出了那句“我喜欢你。”山田（高桥美佳子 配音）依旧陷在单恋真山（杉田智和 配音）的泥沼中，野宫（滨田贤二 配音）的出现成了泥沼里一株逃脱的稻草；真山则继续追寻着理花（大原沙耶香 配音），胜利的曙光在不远处；森田（上田佑司 配音）和阿久，两个天才的兮兮相惜，能否换来最后的相守。
　　时间在四季轮回中流逝，微小的变化一点点积攒成为不可忽视的转折点。五人都面临着新的人生，各奔东西。已逝去的奇迹般的岁月，并不会消失，而成为永久的回忆，在内心转动。改编自同名漫画的《蜂蜜与四叶草》故事也走向终点，但对于他们，这则是新的起点。

　　美术大学学生竹本和学长真山以及多次留级的森田一起生活在单身公寓里，大家的生活风清云淡却也乐趣无穷。
　　他们的老师花本先生向三人介绍了自己表兄的女儿，阿久。外表幼小的阿久有着惊人的艺术表现力，竹本和森田都不觉得对她一见钟情。难以言表的爱情、友情在三人之间渐渐弥漫。
　　另一方面，真山爱上了花本老师的朋友理花小姐，而理花却深陷对逝世丈夫的怀念，难以自拔。和真山青梅竹马的山田，在坚强爽朗的个性下却常常因为对真山的单恋而独自落泪。
　　那个夏季，空气里弥漫着甜蜜也氤氲着苦涩，四叶草在风中摇曳，等待幸福的孩子们采摘。

　　“虫”既不是动物，也不是微生物，而是一种自然界中无处不在的力量，拥有独特的生命形态，偶尔和人类生命产生交汇，便生出一些奇妙的故事。但人们即使得知了“虫”的存在，大部分时候也不知如何应对，这便需要“虫师”出马。
　　银古就是一位虫师，他一头银发，年纪尚轻，但已经半生游历，经过一个个山野、村庄，为人们解决“虫”的问题，通过和被“虫”困扰的人们接近，他也接近了许多故事。银古的游历像风一样，再惊心动魄的“虫”似乎都融化在水墨样的山峦叠嶂间，芸芸众生也是过眼云烟，淡淡的故事里没有哀伤只有静穆。

　　乍看之下，宫本蕾贝卡（斋藤千和 配音）是一个满头金发的11岁少女，她的外表可爱个性胆小，是个人见人爱的小不点。令人想不到的是，蕾贝卡居然是毕业于麻省理工大学的天才少女，并且，她还有着一份正式的职业——桃月学院一年C班的班主任。面对着这个娇小的班主任，一年C班的同学们发出了不可置信的呼声。然而随着接触的深入，他们发现，这个外表萝莉的老师，却有着一颗正直勇敢的心。
　　在桃月学院里出没着各式各样有趣的家伙， C班的神秘老头子（大竹宏 配音），D班的酒鬼五十岚美幸（大原沙耶香 配音），B班的早乙女（花轮英司 配音），再加上每个班级里鬼灵精怪的同学们，蕾贝卡快乐的校园生活开始了。

　　民俗学者一之宫勘太郎（宫田幸季 配音）在写作之余还做起了收妖除魔的兼职，天生强大的灵感力为他的副业创造了得天独厚的条件。同勘太郎一同工作的是一只名叫妖子（川上伦子 配音）的狐妖，她因被勘太郎赋予了名字而必须服从勘太郎的所有命令。在一次意外中，勘太郎解开了“最强食鬼天狗”春华（樱井孝宏 配音）的封印，失去记忆的春华遂即成为了勘太郎得力的助手。
　　杉野村发生了儿童神隐事件，唯一的幸存者也失去了记忆。勘太郎受委托调查此事，却发现这座村庄里的一切都似曾相识，并且，事件的真相似乎同春华的身世有着千丝万缕的联系。

　　凪宗一郎（保志总一朗 配音）和卜比牧原（三木真一郎 配音）的到来让本来平静的统道学园鸡犬不宁。虽然统道学园是一所武校，但学校提倡平和理智的武道，反对无因的暴力，而宗一郎和牧原两人此次的目的却是征服这座学校。结果可想而知，宗一郎被前来的柔剑部部长枣真夜（久川绫 配音）及高柳雅孝（关智一 配音）一脚踢飞，倒霉的他掉入了刚洗完澡的枣亚夜（茅原实里 配音）身上，没想到枣亚夜对他一见钟情。于是，有着女性恐惧症的宗一郎在统道学园的快乐生活开始了。
　　而随着校园生活的推进，一些被称为“柱”的标志逐渐浮出水面，这些标志分别刻在谁的上？又代表了什么？宗一郎决定一探究竟。

　　泽村正治（谷山纪章 配音）是一个十足的冷硬派男子，个性好强的他在校园中少不了打架惹事，同学们给个性粗暴的他取了“狂犬”的外号。其实，正治的内心中对于女性的温柔十分的渴求，可惜接连的告白失败打击了他的自信，让他逐渐关闭起了心门。
　　某一日，正治发现曾经打架得力的右手居然变成了一个活灵活现的女孩！女孩名叫春日野美鸟（中原麻衣 配音），对于自己莫名其妙变为正治右手的原因也并不十分了解。就这样，正治和美鸟两人开始了他们的同居生活。美鸟的温柔体贴化解了正治内心的坚冰，由于失去右手无法再打架，正治也闹出了不少的笑话。正治的改变全部都被绫濑贵子（高木礼子 配音）看在了眼里，曾经十分反感正治的她竟然慢慢的被正治吸引。徘徊在两个女孩子之间，正治究竟应该何去何从呢？

　　佐伯耕四郎（三宅健太 配音）有一个名叫小日向七夏（中村有岐 配音）的妹妹。因为幼年时兄妹两人的父母离婚，耕四郎和七夏就此分离，自此再也没有见过面。随着时间的推移，关于妹妹的回忆渐渐暗淡。
　　成年之后的耕四郎开始在婚姻介绍所上班，虽然做着牵红线的工作，但耕四郎自己的感情道路却并不顺畅。七夏考上了耕四郎所在的城市的高中，这也就意味着，耕四郎和七夏又要开始住在同一屋檐下的生活了。心里怀着喜悦、愧疚、担忧，怀着极其复杂的心情，耕四郎和七夏重逢了。家里突然多出了一个人，给耕四郎的生活带来了不少的麻烦，但随着时间的推移，耕四郎内心里对于七夏的感情复苏了。