《恋离飞翼》剧情紧接着《虚空歌姬》，时间大约为第一部完结之后1个月，故事描述了主人公早乙女阿尔特他们与不明宇宙生物“Vajra”之间最后的战役。对于很多fans有所不满的“双飞”恋情，在本作中也将画上句号。阿尔特将在两位女主角——雪莉露·诺姆和兰卡之间做出一个选择。《剧场版 MacrossF》在当初制作时就预备做成上下两部，所以这部剧场动画也是《MacrossF》整个故事的完结篇。
　　西历2059年，计划寻找新天地的银河移民船团“macross frontier”上，一名以驾驶员为目标而努力的少年早乙女阿尔特感受到了前所未有的闭塞感。这个时候，位于银河顶端的歌姬雪莉露·诺姆来到船团举行巡回演唱会，阿尔特以及憧憬着雪莉露的少女兰花·李当天都来到了会场。 然而演唱会当中，却突然遭到重机架生命体的袭击。为了保护少女们，阿尔特登上了最新型可变战斗机VF-25。在战火烽烟的尽头，传说中可以震撼宇宙的“歌”以及纠缠着少女们的“迷”究竟是什么……？

　　在阳光明媚的日子里，灰太狼突然闯入羊村，虽然他被小羊羊们击退，却把村长的变身魔毯打劫回去。表现英勇的喜羊羊受到伙伴们的称赞，而懒羊羊对此反而有些愤愤不平。为了证明自己的实力，他将慢羊羊的时空照相机错认为手枪，将其偷走后闯入狼堡。得知消息的喜羊羊匆匆赶去营救，结果在混乱之中被卷入时空乱流回到了远古时代，灰太狼和懒羊羊更被魔毯互换了身体。灰太狼无意中被原始羊的千金相为驸马，懒羊羊则成为几只笨狼的首领。
　　可怕的是有一条能把任何生物变成石头的恶龙肆虐，为了保卫原始时代的朋友们，喜羊羊他们携手挑战恶龙，懒羊羊更成为了足以改变历史的英雄人物……

　　太古时期，天庭部将帝释天弑杀天帝，篡得大权。为弭除异己，他对修罗王一族展开无情屠杀，只有年幼的阿修罗侥幸逃出。夜叉王、龙王、迦楼罗王护送阿修罗一路逃亡。预言中摧毁帝释天恐怖统治的六星逐渐聚集，势将成为灭天之破。为了阻止六星集结，帝释天命令天军将阿修罗一行引至夜叉王的故乡。原来这里隐藏着一个连夜叉一族都有所忌惮的怪物，帝释天打算假其之手摧毁六星。如今，夜叉族的土地已成荒原，众人暂时栖息于此。入夜，神秘的蝴蝶出现，开始袭击夜叉王一行，他们陷入空前的危机之中……
　　本片根据CLAMP的同名原著漫画改编，系该动画的OVA版。

　　一场天灾浩劫笼罩着大地，紫魔兰在人类居住的山谷快速蔓延，带来无尽的死亡与毁灭。只有花千谷，在花神树的守护下暂时幸免于难，唯一受到紫魔兰影响的是由神兽凤凰带来的婴儿，被毒浸的孩子名为牡丹公主。国王和王后违背祖训，收留了牡丹公主，为她取名，抚养她成人。突如其来的花神树凋谢，牡丹公主也沉入疾病之中，引发花千谷人心惶惶，请求将牡丹公主送走。
　　王后为了拯救女儿，毅然向花神树求助，她自愿舍身进入黑色结界历经考验，企图唤回失落的花魂。但紫魔兰的力量太过庞大，王后被困其中，而绝望的呼唤也变得杳无音信。十年后，牡丹公主成年，紫魔兰再度侵袭花千谷，带来前所未有的劫难。牡丹公主怀着王后的教诲，带着唯一的希望——花魂种子，踏上了拯救花千谷的危险旅程。她坚信只有战胜紫魔兰，才能重现花千谷的昔日繁荣和和平。

　　一段时间以来，恶灵的力量似乎在渐渐变强，它们的活动也越来越频繁。当然对于眼里只看见钱的美神令子（鶴ひろみ 配音）来说，这可是大发其财的好机会。某天，当美神和横岛忠夫（堀川亮 配音）、小绢（國府田マリ子 配音）等伙伴在事务所闲聊时，半空中突然出现一个武士幻影。对方自称战国时代名将明智光秀（青野武 配音），他拜托美神阻止织田信长（納谷悟朗 配音）——史上最强大的吸血鬼乃苏腐衣罗门——的复活。无奈混乱之中，织田信长重返人间，意图吞并整个世界。罗马教皇悬赏五千万美金消灭乃苏腐衣罗门。看在钱的份上，包括美神在内世界各地驱魔师倾巢出动，等待他们的将是一场恶战……
　　本片根据日本漫画家椎名高志的同名原作改编。

　　立志成为一名考古学者的小狼和古楼国的公主－樱从小青梅竹马。两人虽然互有爱意，但是谁都没有勇气开口。一天夜晚，樱落入了由于为了获得樱所拥有的改变世界的力量而设计陷害他的飞王的阴谋，而失去了全部的记忆。变成羽毛的记忆也飞到了各个时空中。为了拯救樱，小狼开始了通向异次元的行程...
　　在次元魔女郁子的摩可拿的引导下,,小狼和小樱来到了"鸟笼国" 那里的人们和鸟类为伴和平共处......
　　可是由于国王的暴政,,反叛者们对鸟类施以暴行 用不可思议的羽毛力量统治国家的国王 最终他所拥有的究竟是不是小樱的记忆呢?

　　某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一起消失在了空中。
　　小新的失踪令美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）感到十分焦急，就在此时，一名代号肌肉（玄田哲章 配音）的男子出现在了两人的身边，很显然，肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙去脉，但肌肉并不愿意带着美伢和广志去寻找小新。追寻着细微的线索，美伢和广志得知小新身在香港，两人前往香港，在那里又遇见了肌肉，一行人前往神秘组织“猪蹄组”的老巢。

　　吸收怪獸鴉王出現了，在大地上肆意破壞！正在巡邏的飛鳥就變身成超人帝拿跟怪獸打起來，可是其絕招卻被怪獸的三隻角吸收掉了。像在嘲笑超人的失敗似的，怪獸與光線一起消失了。
　　阿響隊長之下的各隊員召開了緊急會議。推測怪獸的出現應該是與Miji星球人有關，但這卻怪錯好人了。不過，那個真正的侵略者∼機械魔女（人形機械人）卻在暗地里進行著其侵略地球的大計。終於，怪獸鴉王與能量鎖合體變成了合體侵略兵器獸溫哲。飛鳥再次變身成超人帝拿展開戰鬥，但發揮不到絕招的帝拿能否取勝？那個怪獸溫哲是否有弱點？
　　另一方面，羽次郎帶着侵略警告回到地球，卻被Miji星球人抓獲。得知有新侵略者搶先過他們的Miji星球人十分氣氛，最后居然向Super Gust提出要協助打敗溫哲……

　　在美丽的阿斯卡岛上，流传着这样一个传说：数千年前，岛民极为害怕红色满月的出现。为了消除恐慌，神赐予岛上的国王盾牌和七星剑，然而当七星剑和红色满月同时出现时，黑暗便会支配整个大地。
　　暂时落脚阿斯卡岛的草帽海贼团遭到海军追捕，而此时原本守护船只的索隆却离奇消失。在娜美的坚持下，众人重返小岛，却来到一个陌生所在，继而遇见持有三颗美玉的美丽少女玛雅。另一方面，索隆在岛上的海军道场重逢当年的盟友萨卡。由于玛雅的关系，索隆和香吉士大打出手。而这一切，都和萨卡手中持有的七星剑有关。这把传说中的宝剑，其所隐藏的秘密渐渐浮出水面……

　　影片根据中国古代神话故事《山海经》所记载的周饶小人国传说改编而成，讲述了周饶小人国的王子锤木，在意外之中闯下大祸，导致父亲变成石像，最后一路经历冒险，重新拯救了父亲和王国的故事。