本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。
　　2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。
　　这一切都是命运石之门的选择。

　　他们拥有梦想。
　　总有一天，飞向广阔天空的梦想。
　　知晓被玻璃遮盖的这片天空有多么遥远。
　　遥远的未来。
　　人类在荒废的大地上建设了移动要塞都市“种植园”，并讴歌着文明。
　　在那当中建造的驾驶员居住设施“米斯特汀”，通称“鸟笼”。
　　孩子们就住在那里。
　　对外面的世界一无所知。
　　对自由的天空一无所知。
　　他们被告知的使命，只有战斗而已。
　　敌人是一切都被谜团覆盖的巨大生命体“叫龙”。
　　为了对抗尚未见过的敌人，孩子们乘上被称为“FRANXX”的机器人。
　　他们坚信，乘坐其中，就是对自己存在的证明。
　　有一位曾被称作神童的少年。
　　代号016。名字是广。
　　但他现在却跌落谷底。
　　是不被人需要的存在。
　　如果没有乘上FRANXX，就如同不存在一样。
　　在这样的广面前，某天，一位被称作02的神秘少女出现了。
　　她的额头，长着两根艳丽的角。
　　“——找到了哦，我的DARLING”

　　在不远的未来，海平面原因不明地急速上升，导致了地表多数都沉入海中。
　　小时候因为事故而失去一条腿的少年・斑鸠夏生，厌倦了都市的生活，移居到了海边的乡村小镇。曾经身为海洋地质学家的祖母留给他的、就只有船、潜水艇还有债务。
　　夏生为了取回“失去的未来”，与迷之讨债人凯瑟琳一起，潜海前往据说保存着祖母遗产的海底仓库。
　　在那里，他遇到了一位沉睡在如同棺材一般装置中不可思议的少女“亚托莉”。她是一位构造精密到与人类别无二致，而又丰富感情的机器人。
　　从海底被打捞起来的亚托莉如是说到：
　　“我想完成主人留给我的最后的命令。在此之前，我会成为夏生先生的腿！”
　　在一个逐渐沉入海中的平和小镇，少年和机器人少女的难忘夏日就这么开始了。

　　这是，扭曲的物语。扭曲的爱的，物语——。
　　事件同时频发，池袋的街道被吞入混沌的漩涡。怀着各自的心思，集合到新罗的公寓的人们。“Dollars”“黄巾贼”“罪歌”的势力簇拥到街道上。以及，当塞尔提的“头”暴露在光天化日之下时，事态朝着无人预期的结局发展——！

　　市丸恭介（真殿光昭 配音）是一个外表和内心都十分朴素的青年，目前就职于一所高中担任物理老师的职务。虽然个性有些木讷害羞，每天都过着两点一线的枯燥生活，但是恭介在教员和学生之间却有着意外高昂的人气。其实，恭介有着一个天大的秘密，他不仅已经结婚，并且，其结婚的对象，居然是在同一学校就读的女子高中生小野原麻美（川澄绫子 配音）！
　　17岁的麻美和恭介的感情十分要好。在学校里，她是他的学生，一回到家，她便是他的娇妻。为了遵循父亲的意愿，在同学面前，麻美和恭介必须严格保守着他们的秘密。可是，世上没有不透风的墙壁，还是有一些人察觉到了两人不寻常的关系。两人的命运和爱情会怎样呢？恭介能够平安的等到属于麻美的毕业季的到来吗？

　　ポピパ主催ライブから4ヶ月。楽しい夏休みを経て、季節は秋。
　　蔵練、バイト、生徒会――いつもの日々を過ごす香澄たちPoppin'Partyは、
　　ライブハウスGalaxyで、あるポスターを見つける。
　　一方、運命のバンドメンバーを探す六花の元に、一通の招待状が届いて……
　　再びはじまるキラキラドキドキなステージ！
　　みんなと一緒なら、どんな夢だって撃ち抜ける！

　　加纳慎一（花江夏树 配音）是一个不折不扣的宅男，在初次告白被拒绝之后，慎一就过起了深入简出的御宅生活。可是，老是呆在家里总也不是个办法，抱着这样的念头，慎一决定外出工作，在一番可疑的面试之后，慎一竟然成为了“安缪特克负责人”。
　　原来，富士树海中出现了一个和异世界相连的时 空隧道，在隧道的那一头，存在着一个名为“艾尔丹特”的国家，而慎一的工作，就是前往这个国家，在那里宣传他最最熟悉的“宅文化”。在异世界里，慎一结识了温柔贤惠的精灵女仆弗兰（三森铃子 配音）和个性桀骜不驯的艾尔丹特帝国皇帝佩特菈卡（渕上舞 配音），徘徊在两个可爱的女孩子之间，会有怎样的经历在等待着慎一呢？

　　仓田亚美（东山奈央 配音）是一名平凡的女大学生，运动神经十分不发达的她连在平地上走路都会摔跤，是一个实实在在的运动白痴。为了挽救声誉，亚美决定开始学习骑自行车，在此过程中，亚美竟然渐渐爱上了这项运动。
　　亚美的青梅竹马，右脑发达十分擅长运动的新垣葵（五十岚裕美 配音）、身材娇小但实际上个性非常成熟的西条雏子（大久保瑠美 配音）、沉默寡言，有着和清淡外表毫不相称的狂热与执着的一之濑弥生（黑泽由里香 配音）、个性独立来去自如的神秘女生高宫纱希（日笠阳子 配音），在半推半就之下，亚美加入了单车部。

　　想要抓住尚未见过梦想的春日未来。
　　憧憬成为偶像的最上静香。
　　不知晓全力以赴能获得什么的伊吹翼。
　　被偶像的光芒给引导的3人所等待她们的是全新的伙伴。
　　当39位偶像一同向 "梦想" 伸出手抓住的时候，
　　剧场将诞生出百万的光芒！

　　あるきっかけで、過去の記憶をなくしてしまった貴明。そんな彼を心配しつつも、これを好機と捉えるヒロインたちが、貴明に都合のいい過去を吹き込みます。果たして貴明は記憶を取り戻せるのか、そして記憶を失ってしまった理由とは…
　　大晦日の夜。二年参りに向かう由真。愛佳と一緒に行くは ずだったのが、いつのまにか貴明たちと合流してしまう。おみくじで大吉を引いた由真は気をよくして、いつものように貴明に対決を挑むことになる。しかし、対決勝負の後に、由真と貴明に予期せぬ二人だけの時間が訪れる…貴明と静かな時間を共有した由真は、果たして、自分の隠された気持に正直になれるのか…