世界的に大流行する『ＵＮＩアプリ』。 強いファイターの優れたプレイングを元に、 始めたばかりでもすぐ強くなれる この夢のプログラムによって情勢は激変。 ヴァンガードはユニフォーマーズ一色となってゆく。 暗躍するマサノリの影、 各地の大会で優勝をさらう謎の男シロガネ、 ついに真の実力を露わにするハロナ、 最強の座に君臨し続けるソフィー、 そして兄の遺志を継ぎ“究極の一戦”を目指すジンキ。
在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！ 千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！ 为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
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