スマートフォン向けゲームアプリ「Fate/Grand Order」を初めて劇場版アニメ化し、人気エピソード「第六特異点」を基に描いた「劇場版 Fate/Grand Order 神聖円卓領域キャメロット」の後編。西暦1273年のエルサレム。3つの勢力が対峙するこの地にたどり着いた遍歴の騎士ベディヴィエールとカルデア一行は、白亜の城を築き民を殺戮する獅子王と“円卓の騎士”を倒すため、“山の民”と手を結ぶ。壮絶な死闘を終えた彼らは、強大な力を持つ“太陽王オジマンディアス”に同盟を提案。しかしオジマンディアスは獅子王の計画を明かし、自らの民を守るため同盟を拒否する。獅子王の真意を知ったベディヴィエールたちは、その目的を阻止するべく、聖都キャメロットへの進撃を開始する。

　　＂超新星＂是为了对抗宇宙生命实验集团＂灭司＂，而由五位闪光星人抚养长大的地球人所组成。而这5人也是生命实验的幸存者。＂超新星＂的是首次出现第2机械人的战队。

　　讲述在“神化”时代的东京，充斥着无数的英雄——“超人”。他们的诞生理由各有不同。既有被邪恶组织改造的人，也有来自宇宙的人。既有来自魔法世界的人，也有来自古代、身为妖怪而生的人。既有被科学家制造出来的机器人，也有超自然的史前机器人。对于这些超人的跋扈，日本政府绝不打算坐视不管——

　　某所中学，总是被邻座的女生高木同学捉弄的男生西片。他为了对此反击而用尽计策，却总是被高木同学看透。季节轮回，升入2年级的西片，这一次他是否能够顺利反击高木同学呢…？
　　「令人心动的微笑」必至，先害羞就输了的“捉弄大战”第2轮比赛终于开幕！

　　1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。
　　11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……

　　三十岁的表宗太（中村悠一 配音）是一名网页设计师，独自生活在繁华的大都市东京。某日，在故乡经营着乌龙面店的父亲去世的消息令宗太再度回到了阔别已久的家乡香川县，没想到在店中邂逅了名为波可（古城门志帆 配音）的孩子，哪知道，这个看似普通，对乌龙面有着无上热爱的孩子，其真实身份竟然是狸猫精。在误打误撞之中，两人开始了奇怪的同居生活。
　　在这座恬静美丽的小镇里，遗留着宗太太多的过去和回忆。明明身为医生做事却大大咧咧的中岛忍（杉田智和 配音）、常常光顾店里的OL小姐藤山纱枝、宗太曾经的恋人真锅舞，当失散的友人再度聚首，故事的新篇章就此拉开序幕。

　　高中生四月一日君寻（福山润 配音），有着异于常人的体质，他可以看到并且吸引各种鬼怪。他身边的好友百目鬼（中井和哉 配音）和小葵（伊藤静 配音）都是特殊能力者，百目鬼有着驱除妖魔的能力，而小葵则有招来厄运的体质。在命运的牵引下，四月一日闯进了壹原侑子（大原沙耶香 配音）的店里，这是一家可以帮人实现任何愿望的店，但是委托人必须付出对等代价。于是四月一日委托侑子帮他远离鬼怪，作为代价，他留在店里打工。随后，他又结识了一个少女灵能力者，五月七日小羽。
　　因为长期留在店里打工，四月一日穿越在次元间，接触到各种不思议现象。而在这一季中，四月一日有了更多切身的经历，他更加清晰地看到了自己和身边人之间息息相关的命运。梦境与现实，前世与未来，原来一切都正如侑子所说的——这个世上没有什么偶然，有的只有必然……

　　20世纪末，一种被称为“B细胞”的物质被发现存在于生物体内，这种物质会直接侵入生物的DNA内部，使其产生异变。科学家们对这种奇妙的物质产生了极大的兴趣，为此进行了多次动物实验，并秘密地准备将B细胞用在人体上。高中生海堂佑司在不知不觉中成为了牺牲品，也因B细胞的活性化而被诊为不治之症，进入了精心安排下的冷冻睡眠。在这段时间内，由于动物体内的B细胞无法通过冷冻来抑制，使其发生了突变增殖引发了物种变化，兔子和小狗成为了巨大的虫状怪物 BLUE。它们在很短的时间内交配繁殖，并将人类当作了自己的食物。整个世界很快就被数量庞大的BLUE所占据，只有1千万左右被选出的人逃到了太空殖民地“第二地球”里，而剩下的人类却只能留在地面上被BLUE所蹂躏……
　　人类的手亲手造出了罪孽，人类的手再次将自己推向无尽的深渊，不是天灾，不是虫孽，只是人祸而已……

　　某天，阿笠博士通过灰原哀邀请少年侦探团的来他的研究所。当孩子们到达时，却得知阿笠博士被人绑架。原来，这只是博士跟大家做的小游戏，在第一关里，他提示少年侦探们需从三个不同的方向来某一地点与之会合。这样的考验对柯南来说自然不成问题，但对文太、步美和光彦三人来说却是一个大的挑战。经过柯南的提示，三人成功找到问题的关键，顺利抵达目的地，等待他们的则是博士的第二道问题。
　　另一方面，阿笠博士在设置游戏的过程中险些遭遇车祸，结果发现司机竟是绑匪，他也因此遭到劫持。绑架游戏弄假成真，少年侦探团最终能否成功救出博士呢？

　　時は大正───浪漫の香り満ち、人々の心、いまだ情け知る。眉難高校に通う、雲仙、酸ヶ湯、卯花、長万部、阿蘇は“何にもしない部”・地球防衛部の部室でダラダラ過ごしながら、学生寮・黒玉寮で共に生活をするごく普通（？）の男子学生。ある日5人が黒玉寮で朝風呂していると、湯船の中になにやらヌルっと動くものが。やっとの事で捕まえると、それはしゃべるマヌルネコ・ヌルだった！遠い遠い未来から重大な使命を帯び、地球に滅亡の危機が迫っていることを伝えに来たというヌル。守りたい…この地球をと言いながらも、自分は危機を知らせにきただけで地球のために戦うかどうかは自由意志で……5人で決めてほしいという。これって責任逃れじゃない…？怪しむ防衛部たち。「どっちでもいいなら俺はやるぜ！そっちの方がハイカラだからな！」と張り切る雲仙。自由な心で自ら戦うと決めた5人をヌルは猫科学でハイカラ浪漫団に変身させるのだった。その一方…暗躍する謎の3人組・蛮華羅新鋭隊（ばんからしんえいたい）。地球征服を企む輩だった。

　　在德川幕府时代，日本幕府统治开始走向没落，对农民的压迫也空前惨烈，其时又有西方宗教传入日本，忍无可忍之下，暴发了农民起义，许多天主教农民揭竿而起反对幕府的统治，史称“岛原之乱”，轰动了整个日本，大大地冲击了当时的当权者。
　　当时的起义在1638年暴发，以妖异少年天草四郎为首的天主教徒，聚集农民和天主教徒三万七千余人发动了起义，攻击德川幕府的各地政权。起义军开始时势如破竹，连连击败幕府军队，攻下了几座城池，而且影响越来越大，参加进来的农民逐渐增多。德川幕府紧急调动各地诸侯的兵力十二万镇压起义农民，起义军和幕府诸侯军队血战3个多月后终因寡不敌众而失败，起义军领袖、年青的天主教徒天草四郎也被幕府军队抓获，被判斩首示众，他死前却大声疾呼：我将像天主基督一样复活！
　　这个事件过去不久，天草四郎却真的复活了！负责保护幕府政权的是武林世家柳生家族，他们坚守自己的职责和天草四郎展开了或大或小的战斗。其中，武林家族柳生派的第一高手是柳生十兵卫，他的家族武术渊源甚深，对剑术尤其精湛，而天草四郎则不断锻炼妖异魔法，也具备常人无法企及的法力，他们两人都感受到了对方的威胁，正邪激战一触即发……
　　故事中天草四郎以妖术打开地狱之门，召唤宫本武藏、荒木又右卫门、宝藏院胤舜等历代豪杰的鬼魂从魔界复活，企图毁灭德川政权，与知名剑豪柳生十兵卫，展开一场鬼哭神号的正邪对决。

　　少女宫下藤花，当她察觉到“世界之敌”的时候便会诞生出另一个名为“不吉波普”的人格。围绕着各种奇怪的事件，少年与少女们的故事慢慢展开了——