“潮死了——” 听闻青梅竹马・小船潮讣告的网代慎平，时隔2年回到了故乡和歌山市・日都岛。 家人和朋友再会，葬礼也顺利进行。然而，好友菱形窗却告诉慎平“潮的死存在可疑之处，有他杀的可能性”。 第二天又发生了邻居一家突然全部消失的事件。随着时间的推移，慎平又听到了一个不祥的传闻。 “看到与自己一样的影子的人会死。会被影子杀死——”并且，潮的妹妹・澪说“姐姐去世前3天看到了影子”…… 纪淡海峡上浮现的夏季小岛上，穿越时空的SF悬疑片，现在拉开了帷幕——
在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！ 千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！ 为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
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