故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。
　　动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。

　　冢本天满是高中2年生。和许多的女孩子一样，她也在恋爱。但是，她一直没能向她非常喜欢的人——同班同学的乌丸大路表白爱意。
　　天不佑人！她突然知道了乌丸还有1年就要转校了这件事!!尽管如此，她还是得到了妹妹——八云和友人们的协助，为了告白一会化装成护士，一会试着发出箭书……还有一个喜欢这样的天满的高中2年生——播磨拳児(是个不良少年)。虽然也是那么的喜欢天满，但是和天满一样，无法向喜欢的人传达自己的爱意，过着消沉的每一天……
　　但是播磨在目击到天满和乌丸一起吃午饭后，伤心悲哀的他于是就拒绝去上学，开始了流浪的旅行……

　　青春学园网球部称霸全国的目标又向前迈进了一步。代表中学网球最高水平的全国大赛开始了。之前饱受伤病困扰的部长手冢国光（置鲇龙太郎 配音）彻底愈合回归，而越前龙马（皆川纯子 配音）也从美国回到了日本，声称自己只是来加油的。青学迎战的第一场是来自冲绳的六角中学。六角中学故意伪造意外事故，让青学陷入了困境，为了能让青学获胜，大石（近藤孝行 配音）决定让龙马替自己征战。经过一番苦战，青春学园进入到了下一轮，而面对他们的是老对手——冰帝。这将是一番苦战！除此之外，之前在正片中出场的各大学校也将登场，进行最激烈的全国大赛。
　　本片改编自许斐刚的同名热门漫画全国大赛卷。

　　OVA一共5集。
　　私立莉莉安女子学院：
　　创立于明治34年，拥有很长历史传统，校风优雅的女子私立学校之名门。在武藏野辽阔富饶的土地上，坐落着此学院的幼儿园，小学，中学，高中，大学（文学部和家政部），研究生院。这个学校的传统就是贯彻淑女教育，培育谨慎谦恭，学识丰富，教养好的淑女。　在莉莉安女子学院，每一个一年级的新生都会被一个二年级的学姐选为“妹妹”，而这个学姐也会以“姐姐”的身份照顾选中的学妹，不管是学习还是生活上。这其实是一种一对一的监护人制度，而这种制度不但可以让新生更好的适应学院生活，同时也能促进不同年纪学生的交流，使学院更团结。当然，其中也有一些宗教的因素。在莉莉安女子学院中，学生会“山百合会”是由红、白、黄三个玫瑰家族掌控，因此玫瑰家族中每一个成员都是学生中的表率，也是其他学生崇拜的对象。而本作的主角福沢祐巳开始只是个平凡的新生，但却在阴差阳错之下被她一直崇拜的学姐，红玫瑰家族二年级的小笠原祥子选为妹妹，因此也展开了她不平凡的校园生活。在深入“山百合会”的同时，把一个个感人的故事带到了我们面前。本作的主题是女孩子们之间的感情，因此推荐给喜欢的朋友。

宫小路瑞穗（堀江由衣 配音）是个地地道道的男孩子，可是由于祖父的奇怪遗言，他即将转学到圣央女学院开始新的学习生活。祖父的用意为何？瑞穗完全不知道。圣央女学院是一所完全的女校，有其严明的校风和校规，是女孩子们学习如何成为一名真正淑女的宝地。对于从小就接受着良好教育的瑞穗来说，这一切都不是问题。唯一困扰着他的，是如何打扮成女生而不被发现，和怎样应付周围那一群如花似玉的大小姐。                                    
                               　　成熟端庄的十条紫苑（松来未佑 配音），单纯善良的周防院奏（神田朱未 配音），活泼好动的御门玛利亚（浅野真澄 配音），傲娇腹黑的严岛贵子（高桥智秋 配音），在这些可爱女孩的围绕下，想要守住身为男孩的秘密对于瑞穗来说几乎是不可能完成的任务。

　　近未来的东京，有着一个为了夺取“最强武器”而建立的两大组织，以开发最强兵器为目的的导示重工，和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF。他们的共同目的只有一个，就是得到那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人才能操纵的终极武器“WITCHBLADE”。地震灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人幸福的生活着，但是，等待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的召唤，以及异常残酷的命运……

　　“我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有外星人、未来人、异世界来的人、超能力者，就尽管来找我吧！以上。”这位就是在开学的自我介绍中，发言惊爆的凉宫春日。对于平淡无聊的日常生活无法忍受的她，创立了一个不可思议的社团——让世界变得更热闹的凉宫春日的团，通称SOS团。
　　虽然同班同学阿虚、寡言读书少女长门有希、萌萌学姐朝比奈实玖瑠、神秘转校生古泉一树等人都被她牵扯进来，但是阿虚以外的三人却有着凉宫春日不知道的大秘密。

　　“我毕业于东中，叫做凉宫春日。我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有外星人、未来人、异世界人或者超能力者的话，就尽管来找我吧。”这是凉宫春日的宣言，也是她对于平庸生活的挑战。
　　我们可能在很小时就不再相信圣诞老人的存在，也慢慢不会再对外星人，特异功能等等产生幻想。在生活的教化下习惯于平淡无奇的生活。可是不安于现状的凉宫同学却勇敢的建立起SOS团，用强烈的意志去试图改造这个了无新意的世界。她的忧郁，究竟从何而来，又将从何而去。

　　这是一个跨越千年的故事。以表演人偶为生的青年国崎往人（小野大辅 配音）行走到了一个海边的小镇。四处游走的往人一直在寻找着“空中的少女”，这是往人的母亲逝世前曾一直对他说的话。原来流传着这样一个故事。有着翅膀的女孩被视为不幸的象征，终日被关在不见光的房间里，直到遇到那个命定的少年。二人就这样相爱了，但这恋情是不被允许的。于是女孩受到诅咒，陷入了轮回之中。往人在小镇里邂逅了少女神尾观铃（川上伦子 配音）。体弱多病的观铃和传说中的女孩极其相似。而他们的相遇如同千年前的那个传说，轮回的齿轮又开始了不休的运作……
　　本片根据Key社著名的同名游戏改编，还有同名剧场版动画。

1614年，德川家康73岁，年迈的他为了第三代将军继承人人选的问题而烦恼。难以决断的德川家康将决定的权利交给当时势均力敌的两大忍术宗家，它们分别是甲贺流和伊贺流。在前人服部半藏的调解下，曾经水火不容的两家签下了“不战条约”，但在权利和政治的挑拨之下，条约被撕毁了 。                                    
                               　　两家各派出十名忍者，他们要相互残杀直至仅剩一方幸存，而幸存方所支持的对象即可成为下一代将军。其中，甲贺流的头领甲贺玄之介（鸟海浩辅 配音）与伊贺流的头领胧（水树奈奈 配音）在战前曾经是两情相悦的恋人，与此同时，甲贺流与伊贺流的一些成员之间也有着复杂的感情纠葛。但是此时此刻，仿佛被丝线牵引的人偶，他们必须摒弃所有的感情，展开一场血腥残酷的厮杀。

　　美术大学五人组的故事仍在继续。竹本（神谷浩史 配音）结束了寻找自我的单车之旅，在盛放烟火的晚上对阿久（工藤晴香 配音）说出了那句“我喜欢你。”山田（高桥美佳子 配音）依旧陷在单恋真山（杉田智和 配音）的泥沼中，野宫（滨田贤二 配音）的出现成了泥沼里一株逃脱的稻草；真山则继续追寻着理花（大原沙耶香 配音），胜利的曙光在不远处；森田（上田佑司 配音）和阿久，两个天才的兮兮相惜，能否换来最后的相守。
　　时间在四季轮回中流逝，微小的变化一点点积攒成为不可忽视的转折点。五人都面临着新的人生，各奔东西。已逝去的奇迹般的岁月，并不会消失，而成为永久的回忆，在内心转动。改编自同名漫画的《蜂蜜与四叶草》故事也走向终点，但对于他们，这则是新的起点。