二海堂昶（小野大辅 配音）是个性格孤僻不爱上学的不良少年，在一次逃学的路上，昶遇见了一位行事神秘的黑衣男子。男子名叫白银（诹访部顺一 配音），他告诉昶，自己和昶有着不可分割的羁绊，并和昶约定晚上十时在校舍见面。昶并不将此当做一回事，但令他没有想到的是，通过这次见面，一个光与影的新世界展开在了昶的面前。
　　在校舍，昶遭到了神秘怪物的袭击，虽被白银所救，但昶却永远的失去了自己的影子。为了保持自己的存在感，昶与白银签订了契约，白银成为了昶暂时的影子。之后，被成为“黑魑”的怪物不断的骚扰着两人，而昶也被卷入了一场影子的争夺战之中。

　　美术馆仓库内的一副石棺因为意外而打开，被封印了800年的Greeed因此而复活。复活后的Greeed力量并不完全，所以他们以组成身体的硬币制造出“Yummy”。Yummy通过吸食人类欲望而成长，同时体内的硬币也会增加。Greeed以此收集硬币。
　　偶然卷入复活事件的无理想、无欲望青年火野映司，因为自身的正义感而与Yummy战斗。而五个Greeed之一的Ankh，因为硬币的不足而导致除右手外都不能变身。Ankh看中了映司单纯的性格，于是把OOO Driver交给映司，让映司变身为假面骑士OOO消灭Yummy，自己从中获得硬币。
　　假面骑士OOO的战斗到底会如何？Ankh能否重新获得身体？同时，与Greeed有莫大关系的“鸿上基金会”的目的又是什么？
　　带着众多谜团，假面骑士OOO的故事开始了……

　　在突然開設的Youtube頻道中，上傳了形形色色的演出者豐富多元的歌曲。
　　從翻唱人氣歌曲、公開「試唱」歌曲的「KIKUNOYU」、「EVAN」、「鈴」，以獨立演出者身分發布具有高度音樂性之歌曲的「高尾大毅」、「二条瑛士郎」、「東郷楓雅」。以自己作曲的歌曲為中心展現獨一無二之歌聲的「春賀」。藉由高水準的演出展現出壓倒性之存在感的頂尖偶像「Anela」。
　　由他們所共織出的歌曲及理念將會帶來嶄新的故事。

她是一个救世主，却又是一个普通的战斗机器人，可是身为战斗机器人的她，觉有着一颗美妙动人纯洁的心！这颗一切美妙动人纯洁的心，给我们带来了一个美妙动人纯洁的故事，让我融入其中，成为一片看不见的影子！这一切都是围绕着一个机器人麻幌和他的朋友或是说恋人美里优展开的！对于我，只是一个过客！                                    
                               　　麻幌是太白星最强的战士，她是个机器人，可她拥有一颗美妙动人纯洁的心。因为一次拯救世界的事件，她迫不得已的杀死了美里友的父亲，一位唯一理解她的人，从此开始了孤独与寂寞！正因为如此，她在即将消亡的时刻选择了报恩，来到了美里友的家里，做了他家的女佣，而失去父母的美里优，对这事情的一切都一无所知，只有对父母的思念和伤痛。                                    
                               　　“麻幌，17岁，职业是女佣！”一位可爱伶俐的姐姐出现在绣球花绽放的庭院里，为了报恩，把最后的时光奉献给了美里优，而她自己，只有短短的398天生命了！但是她依然微笑，拼命的做家务，而她的心里，是如同海底石头一样孤独寂寞......                                    
                               　　最后，麻幌为了保护地球，死了！又留下了美里优一个人在忍受着寂寞的苦苦的等待她的回归。他又成了一个人，那悲伤从滚滚的海浪里涌来！                                    
                               　　苦苦的等待了二十年后，优已经忍受尽了人间悲伤，已经对孤独反感了，内心的孤独已经转变成了对所有事物的仇恨，他仇恨所有想破坏地球的机器人，成了一名机器人杀手。成为机器人杀手的他，已经对世界无情无意了，在一次任务中，他被人给刺杀，受重伤的时候，终于碰见了女神玛修为了他而留下一段回忆重生后麻幌（麻幌此时已经不是机器人了！），他苦苦等待二十年的人。美里优见到了麻幌，起初不相信，可是听到麻幌说：“我知道优是不会变的！”他终于发现，那是真的麻幌，他们一起回到了二十年前那绣球花绽放的庭院，抱在一起！                                    

　　荒城幸也，大概14岁。平常一个人在做DJ。因为受到父母的影响，从小开始就一直在听House Music……也经常上传音乐视频。想要向某人传达些什么。想要受到认同，想要成为必要之人。但很害怕受伤。有什么地方不和谐的日常……某天，为了增加点击数而做的事情，却成了无法挽回的事态。来自“那个世界”的直播。以此为契机，我被人给盯上，被卷入了人们的愿望和心意的漩涡当中。独自一人束手无策的状况……但是，只要有谁和我一起的话——。

　　故事描绘了20XX年，突如其来的“通往异世界的门”在东京银座出现，从中涌出来了大量怪物和军队。而陆上自卫队在击退它们的同时，还赶赴了门另一边的“特区”。于是，担任了第叁侦察队指挥的二等陆卫的宅男伊丹耀司，与帮助被巨大炎龙袭击的村民们时，与精灵、魔导师和亚神等异世界的美少女们之间产生了奇妙的交流.

　　不起眼的平凡上班族．内村传之助，某天突然被挖角人才的魔王召唤到了异世界！
　　在现代被视为无能并降职调任到国外的我，为何会被挖角！？
　　「吾已观察了你过去所有的工作表现，你拥有成为四天王的价值！！」
　　内村被来自魔王的热情攻势和优渥待遇打动，决心跳槽到异世界的魔王军，然而！？
　　毫无任何外挂能力，只能以上班族时期培育出的知识和经验为武器，内村即将挑战魔王军的业务！！

　　楠木赖子（高桥美佳子 配音）是个14岁的初中生，在班上没什么朋友，但偶然得到班上极为耀目的美少女柚木加菜子（戸松遥 配音）的青睐，两人成为朋友，不料相约乘电车去看湖时飞来横祸，加莱子落下站台被列车轧成重伤。刑警木场修太郎（关贵昭 配音）调查此案，发现加莱子似乎有着神秘的重要身 份，同时以多摩为中心，整片地区陆续发现许多被分尸的尸体残块，关注整个事件的中禅寺敦子（桑岛法子 配音）、关口巽（木内秀信 配音）、鸟口守彦（浪川大辅 配音）为了写出内幕报道，调查中在森林中发现古怪建筑物，如巨大的匣子，一切谜底的最终还要靠京极堂（平田広明 配音）揭开……

　　冬空凩（小野友树 配音）自幼就有着比一般人强烈的灵感力，常常会遭到幽灵的附身，人生因此一直都不是很顺利，甚至因此而背负上了巨额的债务。无奈之下，冬空凩只得到处寻找容身之处，就这样来到了名为摇曳庄的温泉旅馆之中。
　　虽然摇曳庄的所有住客都是女性，但冬空凩最终还是在这里找到了落脚之地。天真可爱的地缚灵汤之花幽奈（岛袋美由利 配音）、每天都沉浸在妄想之中的美少女偶像宫崎千纱希（铃木绘理 配音）、对妖怪感到深恶痛绝的灵能忍者高桥李依（高桥李依 配音）、酒吞童子的后裔荒霸吐吞子（加隈亚衣 配音），和冬空凩住在同一屋檐下的是这些奇奇怪怪的美少女们。

在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。                                    
                               　　另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化……                                    
                               　　与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。                        

　　自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。
　　到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。
　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……

　　“我不是说过了吗？把剩下的人生交给我”
　　丰川祥子组建的乐队Ave Mujica，在现场演出和媒体曝光等方面，取得了商业上的成功，发誓要与命运同行的伙伴和她生长的家都已失去的少女，究竟她是为了什么要背负他人的一生，并继续乐队的活动？她用面具遮掩着过去和真实面貌，今晚也降临在这个完美的箱庭中。