第二季的故事是发生在第一季的故事结束后三年，爱良等人从Pretty Top演艺学校结业并学有所成，之后有了全新生力军的加入，包含了玲奈、果铃、彩海三人组成的团队“三棱镜伴侣（Prism Mates、プリズムメイツ）”，与后来加入的美爱，演变成四人明星团体“Prizmmy☆”并走上成名之路；后来有来自韩国的五位女性留学生加入了Pretty Top演艺学院，并与Prizmmy☆四人连袂演出。

　　很久以前，在宇宙中被粉碎的恶魔碎片，如今仍然祸乱着整个宇宙。
　　一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。
　　赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。
　　经过一番激战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。
　　在地球上，人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库（storage）”。在这支部队中有一位热血青年——夏川春树。
　　宇宙怪兽到达地球的那一刻，泽塔奥特曼和春树相遇了。自此两位热血青年的战斗故事开始了  。

　　泉光高中文艺部生活着一群性格各异的青春男女，其中高中二年级的安藤寿来（冈本信彦 配音）是一个典型的中二病，他每天梦想拥有超能力来拯救世界，谁想到不切实际的愿望竟然真的实现了。在毫无征兆的日子里，安藤掌握了“黑焰”的能力，其他成员也各有所长，如操纵时间的隐藏宅女神崎灯代（ 山崎遥 配音）、掌握自然属性的天然少女栉川鸠子（早见沙织 配音）、可把一切事物还原的腐女部长高梨彩弓（种田梨沙 配音）、可自由创造物质和空间的文艺部顾问老师的侄女姬木千冬（山下七海 配音）。可是现实世界没有邪恶敌人对付怎么办？那就只好自娱自乐喽……
　　本片根据望公太的轻小说改编。

　　前往命运引导的战斗之旅
　　距离凯尔王将魔王央格文葬送已过了100年。
　　见习骑士凯瑟，生活在这个和平的时代。
　　但，自从得知魔族出现在附近这一消息之后，凯瑟的命运就开始转动。
　　受到大贤者的引导，得到可靠同伴的凯瑟，
　　为了寻求被封印的圣剑而启程…

　　“不会捡到‘这样的东西’……。”
　　虽然变身成魔法少女，却对于变身后的装束泳装无论如何都没法习惯的柚华。
　　究竟柚华接受魔法少女的那一天会不会到来呢！？

　　《幻境神话》是家喻户晓的网络游戏，在第十二次资料片更新之时，一场意外的发生竟然将三万名玩家困在了游戏构筑的虚拟世界之中。老牌玩家城惠（寺岛拓笃 配音）就是其中的一员，现实中个性内向的他在游戏里却极其富有领导才能，深受同伴的信赖和喜爱。
　　恐惧和绝望笼罩在被困在游戏里的玩家的头顶上，个性开朗直爽大大咧咧的战士直继（前野智昭 配音）、拥有可爱外貌和强大实力的刺客晓（加藤英美里 配音）联同城惠站了出来，创立了工会“记录的地平线”，他们从大都市秋叶原开始出发，踏上冒险的旅途，决心开拓出属于他们的世界，找到脱出的方法。

　　故事的发生地是在一座名为星元市的小城市。
　　在市内的狮子尾山上，耸立着一个闪耀着彩色光芒的巨大物体，这个被命名为“摩诺之角”的物体，实际上是16年前“怪兽之日”事件发生之后就矗立在那里的“怪兽的角”。
　　在世界各地同时出现怪兽的“怪兽之日”事件发生之后，怪兽灾害开始变得日常。日本的地球防卫队开始以武力对付怪兽的同时，怪兽防灾科学调查所（统称SKIP Scientific Kaiju Investigation and Prevention center）也为了防止怪兽灾害的发生和受灾情况扩大，不断对各地区进行科学调查和避难引导。这个组织时至今日，还在不停地调查“怪兽之日”出现的原因和城市中的“摩诺之角”。
　　年仅7岁的“优马”在狮子尾山与父母露营时，遭遇了怪兽袭击，他奇迹般地生还并毫发无伤。以此为契机，“优马”踏上了研究怪兽生物学的道路。虽然有着痛苦的过去，但优马没有失去梦想，他依靠“想象的力量”成长起来，作为新手调查员加入了“SKIP”，被分配到了星元市分所。
　　就在这时，星元市发生了大规模的怪兽灾害。“想要保护眼前这些穷途末路的人们!”这个强烈而直接的想法从心底涌出的瞬间，“优马”的脑海中出现了儿时见过的光之使者“卢提昂”在和他说话：“我就是你，你就是我... ... 释放你的想象力!”
　　出现在手中的神秘之光包裹住优马的身体，释放出的想象之力将光与人结合在一起，守护未来的光之巨人“亚刻奥特曼”变身! 优马以及亚刻奥特曼与重要的伙伴一起，追逐着永不停歇的梦想，从现在开始奔跑!

　　某天，时隔10年回到日本的少年·一希东，突然遭到武装男子们的袭击，并被囚禁起来。而救出了东的人，是青梅竹马的少女·朝吹黄金，以及有着右手形态、拥有意志的武器“舞武器”。知道了“舞武器”的存在，以及自身也是“舞武器使者”的东，与遇到的同伴们一起，为了让沉眠于地下、被称为“王舞”的舞乱伎（巨人）复活而开始行动。相隔10年后回到日本的一希东，不知为何被舞武器警察追捕。东的青梅竹马朝吹黄金看到被警察带走的东，便带着舞武器小右闯入警局将东救出来。第一次见到舞武器威力的东，与其他舞武器使者野野柊、扇木乃亚、种臣静流等人相遇，并同行前往舞武器监牢，拯救沉睡的舞乱伎“王舞”。看到只剩骨架的王舞，东失望地伫立着。成功拖住的场井的黄金等人也赶到东的身边，柊觉得不能放过让王舞复活的大好机会，便威胁对舞武器一窍不通东把心脏交出来，甚至不惜攻击东逼王舞的心脏启动。看似王舞复活有望同时，柊所憎恶的万流礼央子驾驶炎帝现身。10年前掉落到东京无数的舞乱伎，被万流礼央子和她的舞乱伎炎帝击败。在熊熊的火焰中浮现礼央子得意的仰天大笑。从那天起这个国家便陷入礼央子和炎帝的恐怖统治中。东一行人逃亡最后投靠堀野的基地，堀野教导东有关舞乱伎的知识还有母亲的过去。在夜深人静之际，那个熟悉的敌人又出现了。　怒吼着要为父报仇的黄金，对的场井发动猛烈攻击，但是在技术跟经验不足的状态下节节败退，即使东以心脏舞武器挺身阻挡攻击，仍然挡不住无情的枪林弹雨。东等人认为只能使用王舞速战速决，但是无论如何都无法发动王舞，此时的场井拿出炎帝的心脏，向同为右手的黄金提出舞武器对战。

　　楠木赖子（高桥美佳子 配音）是个14岁的初中生，在班上没什么朋友，但偶然得到班上极为耀目的美少女柚木加菜子（戸松遥 配音）的青睐，两人成为朋友，不料相约乘电车去看湖时飞来横祸，加莱子落下站台被列车轧成重伤。刑警木场修太郎（关贵昭 配音）调查此案，发现加莱子似乎有着神秘的重要身 份，同时以多摩为中心，整片地区陆续发现许多被分尸的尸体残块，关注整个事件的中禅寺敦子（桑岛法子 配音）、关口巽（木内秀信 配音）、鸟口守彦（浪川大辅 配音）为了写出内幕报道，调查中在森林中发现古怪建筑物，如巨大的匣子，一切谜底的最终还要靠京极堂（平田広明 配音）揭开……

　　故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。

　　赤冢正义（Justice）通称正义，他的掌心有一个刺青。那不是普通的刺青，而是能够扭曲时空、创造出“无”、并带给周遭毁灭性伤害的特殊兵器——“咒纹”。正义决定协助特工少女·伊姬完成她的任务——回收咒纹，但是事情会那么顺利吗——！？

　　年仅6岁的小女孩鹿贺凛（松浦愛弓 配音）失去了最爱的爷爷宋一（有川博 配音），据说她是宋一的私生女，这个暧昧的身份成为鹿贺家的耻辱和负担。但是在葬礼上，凛却遇到了她生命中最重要的人——某服装公司的30岁单身男子河地大吉（土田大 配音），他是宋一的亲外孙。面对遭受家人排斥的小阿姨，大吉毅然承担起了照顾凛的重任。为了凛，大吉改变着自己的生活，牺牲了事业和爱情，相伴走过无数个平凡岁月。随着“女儿”一天天长大，大吉和凛的感情日益加深，彼此内心中的牵绊不可替代……
　　本片根据宇仁田由美的同名人气漫画改编。