《灵异妙探》第三季继续半搞笑路线，在上季结尾的一声“妈”后，Shawn将在新的一季中面对怎样的案件，处理什么样的父母关系呢？
　　在本季中，一直以为是老爸不对的Shawn或许会了解到一件出乎意料的事实，他能否克服儿时的阴影，父子关系又会向什么方向发展呢？Shawn的老爸，到底会不会 继续他的“找伴儿”行动？或是与再次出现的前妻再续前情？
　　哦，当然，还请继续跟随Shawn和Gus踏上探案之旅，他出类拔萃的观察能力以及妙语连珠的性格，保准让你继续又骂又爱，虽然Shawn并非通灵师，但他却是位真正的侦探。

　　故事开始于圣巴巴拉的一个警察家庭。Shawn成长于一个警察家庭，为了家族长久以来从事的行业，Shawn被他的父亲Henry从小培养，具备了对身边事物查之入微的神奇能力。对于多数家庭来说，父子间都存在着这样那样的矛盾，如此，Shawn便自某职业而非依靠家族惯例渡此余生。然而，出于自幼的习惯，Shawn对于看到和读到的案件极为敏感，当他努力接近真相的时候，警察的出现却使他经常地陷入困境。
　　Shawn利用他的个人魅力和无法抗拒的言辞使警察确信他具备分析和解决烦琐案件的能力，就这样，他从小所被寄予的，在他最好的朋友Gus的协助下成为现实。
　　故事围绕着Shawn洞察秋毫的能力而随之展开。

　　故事发生在风景如诗如画的圣巴巴拉，肖恩（詹姆斯·罗德 James Roday 饰）出生于警察世家，毫不意外地，身为刑警的父亲亨瑞（柯宾·伯恩森 Corbin Bernsen 饰）将未来的希望全部寄托在了儿子的身上，希望他能够子承父业。从很小的时候起，亨瑞便开始有意识的训练肖恩的观察力和逻辑推理能力，所以，当肖恩逐渐长大成人之时，他依然具备了以生俱来的刑侦能力。
　　对于别人来说，肖恩所展现出的种种才华无异于是“特异功能”，但只有肖恩自己知道，这些才华给他带来了多少的压力和负担。然而，最终，在好友古斯（杜勒·希尔 Dulé Hill 饰）的影响和帮助之下，肖恩还是走上了刑侦的道路。

　　乔伊（马特·理勃兰 Matt LeBlanc 饰）和瑞秋（詹妮弗·安妮斯顿 Jennifer Aniston 饰）的恋情维持不久就发现彼此不适应身体上的交往，决定只做朋友。迈克克服自身障碍的迈克终于向菲比（莉莎·库卓 Lisa Kudrow 饰）求婚，两人终成眷属。钱德勒（马修·派瑞 Matthew Perry 饰）和摩妮卡（柯特妮·考克斯 Courteney Cox 饰）的代孕母亲艾瑞卡生了一对龙凤胎，Jack和Erica。 瑞秋通过马克的介绍决定前往巴黎工作。朋友们为她举行了告别派对，除了罗斯（大卫·休默 David Schwimmer 饰）她轮流跟朋友们告别。而此时罗斯意识到自己仍然爱着瑞秋，两人重修旧好，瑞秋也放弃了巴黎的工作。经历了十年间风风雨雨，大家分别离开公寓，都留下自己的一把钥匙......

　　罗斯（大卫·休默 David Schwimmer 饰）、瑞秋（詹妮弗·安妮斯顿 Jennifer Aniston 饰）和女儿住在一起，却没有恋爱关系，最终瑞秋领着女儿搬回乔伊（马特·理勃兰 Matt LeBlanc 饰）那里，渐渐也对乔伊产生了感觉。钱德勒（马修·派瑞 Matthew Perry 饰）和摩妮卡（柯特妮·考克斯 Courteney Cox 饰）要一个孩子，但总是失败，经过检查发现都有生理问题，决定领养一个。 菲比（莉莎·库卓 Lisa Kudrow 饰）跟迈克约会，但总要面对迈克不肯结婚的问题。乔伊带着Charlie去巴巴多斯岛和罗斯一起度假。但由于两人没有共同点最终分手，很快乔伊得知瑞秋对自己有好感，Charlie认定自己仍然爱着罗斯，乔伊看到了罗斯和Charlie两人的热吻，于是改变了主意来到了瑞秋房间，两人亲吻起来......

　　在众人的猜测中，瑞秋（詹妮弗·安妮斯顿 Jennifer Aniston 饰）证实自己确实怀孕了，而孩子的父亲正是罗斯（大卫·休默 David Schwimmer 饰），事情就发生在钱德勒（马修·派瑞 Matthew Perry 饰）和摩妮卡（柯特妮·考克斯 Court eney Cox 饰）婚礼前的一个月。瑞秋和乔伊（马特·理勃兰 Matt LeBlanc 饰）继续住在一起，但这时乔伊忽然对瑞秋产生了不一样感觉。当罗斯觉得自己在丧失了很多父亲的感觉时，乔伊只好建议瑞秋搬到罗斯那里住。后来乔伊表达了自己对瑞秋的感觉，但瑞秋婉拒了。瑞秋生下一个女儿，取名为Emma，尽管这个名字是摩妮卡从小就计划好了的，准备用在自己孩子身上的。

　　菲比（莉莎·库卓 Lisa Kudrow 饰）和瑞秋（詹妮弗·安妮斯顿 Jennifer Aniston 饰）的公寓已经修复完毕，菲比搬回了公寓，瑞秋继续和乔伊（马特·理勃兰 Matt LeBlanc 饰）住在一起。乔伊在《Days of Our Lives》剧组里得到 了一个角色。就在钱德勒（马修·派瑞 Matthew Perry 饰）和摩妮卡（柯特妮·考克斯 Courteney Cox 饰）的婚礼前一夜，钱德勒突然临阵畏缩，逃走躲了起来。他走了之后，菲比在卫生间找了一支显示有孕的验孕棒，从而断定摩妮卡有了身孕。菲比和罗斯（大卫·休默 David Schwimmer 饰）在办公室找到了躲藏起来的钱德勒并说服他回来，回来后他听到了菲比与瑞秋的窃窃私语——摩妮卡怀孕了！最后钱德勒和摩妮卡顺利完婚，但摩妮卡却说自己并没有怀孕时。那么，怀孕的人难道是瑞秋吗？

　　罗斯（大卫·休默 David Schwimmer 饰）和瑞秋（詹妮弗·安妮斯顿 Jennifer Aniston 饰）发现酒醉结婚后，决定到法院取消，但罗斯担心自己离婚过于频繁而没有取消并对瑞秋撒了谎。瑞秋发现后争论了起来，最后导致离婚。罗斯在纽约大学找到了一份教古生物学的工作。钱德勒马修·派瑞 Matthew Perry 饰）搬到摩妮卡（柯特妮·考克斯 Courteney Cox 饰）的住处，决定暂时不结婚，而是先同居。瑞秋跟菲比（莉莎·库卓 Lisa Kudrow 饰）同住，但一场起火事件又搬到了摩妮卡的住处。菲比以为自己引起了火灾，转而在条件较差的乔伊那里住了下来。后来发现火灾原来是由于瑞秋的直发器引起的，所以两人调换了住处。由换房法律一系列啼笑皆非的故事。而最终，钱德勒终于决定向摩妮卡求婚。

　　罗斯（大卫·休默 David Schwimmer 饰）和艾米丽还是完婚了，但由于不能容忍生活里还有瑞秋（詹妮弗·安妮斯顿 Jennifer Aniston 饰），最终两人离婚了。罗斯搬出公寓，找到了跟大家很近新住处，但因为得罪上司而丢掉了博物馆的工作。菲比生下一个男孩两个女孩，希望留下一个孩子，但无奈弟弟不同意。一夜情后，钱德勒（马修·派瑞 Matthew Perry 饰）和摩妮卡（柯特妮·考克斯 Courteney Cox 饰）决定秘密维持关系。直至被大家知道，两人的恋情才公之于众。乔伊（马特·理勃兰 Matt LeBlanc 饰）获得一个做男主角的机会，但却因为资金问题被迫停止了。众人去拉斯维加斯看望乔伊，在飞机上罗斯和瑞秋再次重逢。钱德勒和摩妮卡决定在拉斯维加斯的小教堂结婚，刚到就遇到了酩酊大醉刚糊涂结了婚的罗斯和瑞秋......

　　罗斯（大卫·休默 David Schwimmer 饰）决定和邦妮分手与瑞秋（詹妮弗·安妮斯顿 Jennifer Aniston 饰）复合，可因为瑞秋让他认错而依旧分手了。菲比（莉莎·库卓 Lisa Kudrow 饰）成为了弟弟小弗兰克和艾丽丝的代孕母亲，人工受孕怀了三胞胎。罗斯与英国女孩艾米丽相恋，决定在伦敦结婚。由于怀孕的菲比和有旧情困扰的瑞秋的两人留在纽约，其他人都赶赴伦敦参加罗斯的婚礼。婚宴上，摩妮卡莫妮卡（柯特妮·考克斯 Courteney Cox 饰）触景生情，竟和安慰她的钱德勒（马修·派瑞 Matthew Perry 饰）发生了一夜情。意识到自己仍爱着罗斯的瑞秋决定飞赴伦敦挽回。但当她看到幸福的新人，决定不扰乱这个婚礼。但最后在罗斯在做婚礼宣誓时，却将艾米丽的名字说成了瑞秋......

　　瑞秋（詹妮弗·安妮斯顿 Jennifer Aniston 饰）辞去了咖啡店的工作，开始尝试在时尚界发展。马克为她找了一份工作，但罗斯（大卫·休默 David Schwimmer 饰）认为马克对她有企图，变得非常敏感。周年纪念日瑞秋仍在加班，罗斯带了食物到办公室探望，弄得一团糟被瑞秋赶回家，争吵后导致赌气分手。罗斯在和乔伊（马特·理勃兰 Matt LeBlanc 饰） 、钱德勒（马修·派瑞 Matthew Perry 饰）喝酒时打电话给瑞秋，而马克来恰好在，气愤地挂了电话。绝望他有一个陌生女子有了一夜情，虽然试图和瑞秋重归于好时，但由于此事两人还是最终分手。而然看到罗斯和邦妮约会，瑞秋又非常伤心。两人发现彼此心底还是放不下对方，面对着邦妮和瑞秋，罗斯犹豫了......

　　罗斯（大卫·休默 David Schwimmer 饰）不知瑞秋（詹妮弗·安妮斯顿 Jennifer Aniston 饰）对他的感觉，并和老同学茱莉开始恋爱。瑞秋对此很不开心，并尝试破坏这一对恋人。已经开始新恋情的瑞秋在一次就酒醉时通过电话留言机跟罗斯表白。让罗斯在瑞秋和茱莉见无所适从，在钱德勒（马修·派瑞 Matthew Perry 饰）的建议下罗列两人的优缺点比较决定。但罗斯知道自己真正爱的还是瑞秋，于是很快与茱莉分手。经历重重波折终于和瑞秋重新开始。乔伊（马特·理勃兰 Matt LeBlanc 饰）由于在肥皂剧扮演雷莫瑞医生大获成功，赚够钱可以住进自己的公寓。菲比（莉莎·库卓 Lisa Kudrow 饰）找到了同父异母的弟弟小弗兰克。莫妮卡（柯特妮·考克斯 Courteney Cox 饰）也开始与父亲的老朋友理查德交往。但孩子的问题让，一心想要孩子的莫妮卡忍痛与其分手。