新世纪之初不久某年的夏天，为了与父亲生活，逢泽步来到了距东京2小时火车车程的小镇。
　　步是不去上学的中学生。原因不明。似乎和什么样的理由都沾一点边，但又不是那种理由。觉得无论走到哪、无论做什么都无聊的步，来和父亲度过一个夏天，是因为母亲出的主意。双亲在他还小的时候离婚了，他和父亲也4年没有见面了。步并非积极地响应母亲的提案。对毫无朝气的步，妈妈提出要以买个山地自行车为交换条件，让他去和父亲见面。既然话都这么说了，步也不得不打起点精神。
　　这样步终于到了那个小镇。母亲说步小时曾来过一次，但他一点印象也没有。田菜——在围绕着广阔的水田的山的斜面的，似乎被农家钉子一样点缀着的小盆地。在看见这景象的瞬间，步就后悔来到这里了。因为无论从什么角度怎么看都是不变的田舍，实在是寒酸得要死。
　　然而，这么想可就大错特错了....

1614年，德川家康73岁，年迈的他为了第三代将军继承人人选的问题而烦恼。难以决断的德川家康将决定的权利交给当时势均力敌的两大忍术宗家，它们分别是甲贺流和伊贺流。在前人服部半藏的调解下，曾经水火不容的两家签下了“不战条约”，但在权利和政治的挑拨之下，条约被撕毁了 。                                    
                               　　两家各派出十名忍者，他们要相互残杀直至仅剩一方幸存，而幸存方所支持的对象即可成为下一代将军。其中，甲贺流的头领甲贺玄之介（鸟海浩辅 配音）与伊贺流的头领胧（水树奈奈 配音）在战前曾经是两情相悦的恋人，与此同时，甲贺流与伊贺流的一些成员之间也有着复杂的感情纠葛。但是此时此刻，仿佛被丝线牵引的人偶，他们必须摒弃所有的感情，展开一场血腥残酷的厮杀。

　　美术大学五人组的故事仍在继续。竹本（神谷浩史 配音）结束了寻找自我的单车之旅，在盛放烟火的晚上对阿久（工藤晴香 配音）说出了那句“我喜欢你。”山田（高桥美佳子 配音）依旧陷在单恋真山（杉田智和 配音）的泥沼中，野宫（滨田贤二 配音）的出现成了泥沼里一株逃脱的稻草；真山则继续追寻着理花（大原沙耶香 配音），胜利的曙光在不远处；森田（上田佑司 配音）和阿久，两个天才的兮兮相惜，能否换来最后的相守。
　　时间在四季轮回中流逝，微小的变化一点点积攒成为不可忽视的转折点。五人都面临着新的人生，各奔东西。已逝去的奇迹般的岁月，并不会消失，而成为永久的回忆，在内心转动。改编自同名漫画的《蜂蜜与四叶草》故事也走向终点，但对于他们，这则是新的起点。

　　美术大学学生竹本和学长真山以及多次留级的森田一起生活在单身公寓里，大家的生活风清云淡却也乐趣无穷。
　　他们的老师花本先生向三人介绍了自己表兄的女儿，阿久。外表幼小的阿久有着惊人的艺术表现力，竹本和森田都不觉得对她一见钟情。难以言表的爱情、友情在三人之间渐渐弥漫。
　　另一方面，真山爱上了花本老师的朋友理花小姐，而理花却深陷对逝世丈夫的怀念，难以自拔。和真山青梅竹马的山田，在坚强爽朗的个性下却常常因为对真山的单恋而独自落泪。
　　那个夏季，空气里弥漫着甜蜜也氤氲着苦涩，四叶草在风中摇曳，等待幸福的孩子们采摘。

　　“虫”既不是动物，也不是微生物，而是一种自然界中无处不在的力量，拥有独特的生命形态，偶尔和人类生命产生交汇，便生出一些奇妙的故事。但人们即使得知了“虫”的存在，大部分时候也不知如何应对，这便需要“虫师”出马。
　　银古就是一位虫师，他一头银发，年纪尚轻，但已经半生游历，经过一个个山野、村庄，为人们解决“虫”的问题，通过和被“虫”困扰的人们接近，他也接近了许多故事。银古的游历像风一样，再惊心动魄的“虫”似乎都融化在水墨样的山峦叠嶂间，芸芸众生也是过眼云烟，淡淡的故事里没有哀伤只有静穆。

　　乍看之下，宫本蕾贝卡（斋藤千和 配音）是一个满头金发的11岁少女，她的外表可爱个性胆小，是个人见人爱的小不点。令人想不到的是，蕾贝卡居然是毕业于麻省理工大学的天才少女，并且，她还有着一份正式的职业——桃月学院一年C班的班主任。面对着这个娇小的班主任，一年C班的同学们发出了不可置信的呼声。然而随着接触的深入，他们发现，这个外表萝莉的老师，却有着一颗正直勇敢的心。
　　在桃月学院里出没着各式各样有趣的家伙， C班的神秘老头子（大竹宏 配音），D班的酒鬼五十岚美幸（大原沙耶香 配音），B班的早乙女（花轮英司 配音），再加上每个班级里鬼灵精怪的同学们，蕾贝卡快乐的校园生活开始了。

　　民俗学者一之宫勘太郎（宫田幸季 配音）在写作之余还做起了收妖除魔的兼职，天生强大的灵感力为他的副业创造了得天独厚的条件。同勘太郎一同工作的是一只名叫妖子（川上伦子 配音）的狐妖，她因被勘太郎赋予了名字而必须服从勘太郎的所有命令。在一次意外中，勘太郎解开了“最强食鬼天狗”春华（樱井孝宏 配音）的封印，失去记忆的春华遂即成为了勘太郎得力的助手。
　　杉野村发生了儿童神隐事件，唯一的幸存者也失去了记忆。勘太郎受委托调查此事，却发现这座村庄里的一切都似曾相识，并且，事件的真相似乎同春华的身世有着千丝万缕的联系。

　　凪宗一郎（保志总一朗 配音）和卜比牧原（三木真一郎 配音）的到来让本来平静的统道学园鸡犬不宁。虽然统道学园是一所武校，但学校提倡平和理智的武道，反对无因的暴力，而宗一郎和牧原两人此次的目的却是征服这座学校。结果可想而知，宗一郎被前来的柔剑部部长枣真夜（久川绫 配音）及高柳雅孝（关智一 配音）一脚踢飞，倒霉的他掉入了刚洗完澡的枣亚夜（茅原实里 配音）身上，没想到枣亚夜对他一见钟情。于是，有着女性恐惧症的宗一郎在统道学园的快乐生活开始了。
　　而随着校园生活的推进，一些被称为“柱”的标志逐渐浮出水面，这些标志分别刻在谁的上？又代表了什么？宗一郎决定一探究竟。

　　泽村正治（谷山纪章 配音）是一个十足的冷硬派男子，个性好强的他在校园中少不了打架惹事，同学们给个性粗暴的他取了“狂犬”的外号。其实，正治的内心中对于女性的温柔十分的渴求，可惜接连的告白失败打击了他的自信，让他逐渐关闭起了心门。
　　某一日，正治发现曾经打架得力的右手居然变成了一个活灵活现的女孩！女孩名叫春日野美鸟（中原麻衣 配音），对于自己莫名其妙变为正治右手的原因也并不十分了解。就这样，正治和美鸟两人开始了他们的同居生活。美鸟的温柔体贴化解了正治内心的坚冰，由于失去右手无法再打架，正治也闹出了不少的笑话。正治的改变全部都被绫濑贵子（高木礼子 配音）看在了眼里，曾经十分反感正治的她竟然慢慢的被正治吸引。徘徊在两个女孩子之间，正治究竟应该何去何从呢？

　　佐伯耕四郎（三宅健太 配音）有一个名叫小日向七夏（中村有岐 配音）的妹妹。因为幼年时兄妹两人的父母离婚，耕四郎和七夏就此分离，自此再也没有见过面。随着时间的推移，关于妹妹的回忆渐渐暗淡。
　　成年之后的耕四郎开始在婚姻介绍所上班，虽然做着牵红线的工作，但耕四郎自己的感情道路却并不顺畅。七夏考上了耕四郎所在的城市的高中，这也就意味着，耕四郎和七夏又要开始住在同一屋檐下的生活了。心里怀着喜悦、愧疚、担忧，怀着极其复杂的心情，耕四郎和七夏重逢了。家里突然多出了一个人，给耕四郎的生活带来了不少的麻烦，但随着时间的推移，耕四郎内心里对于七夏的感情复苏了。

　　高中女生奈绪（名冢佳织 配音）隶属摄影部，她喜欢捕捉云和风。一天，她在学校天台拍照时，看见一只飞天猫，随即天空居然下起了“猫雨”，震惊之余她不慎失足坠楼。出乎意料的是，从高空中摔下的她竟毫发无损。原来是拥有操纵风的能力的风使——大气老师救了她，而那只猫之所以会飞也是因为它懂得操纵风。得知大气老师回乡参加祭典后，奈绪和好朋友美纪（花村怜美 配音）以及同班男生阿润（入野自由 配音）一起来到风使之乡找他，向他学习风的知识，老师却一口回绝。目睹了震撼人心的风之祭典后，奈绪似乎更加了解风……
　　本动画围绕着奈绪的日常展开，她的高中生活也许平平凡凡，然而故事里有风。

　　世上有一种被称为Piatoris的神奇物质，可以在人的意志之下化梦想为现实。憧憬新时代能源的吉村护，满怀期待的想要进入东京Piatoris综合大学附属高等学校，然而等待他的是千人选一的入学考试……刚转学而来的吉村护，突然遭遇了2年级学生治安部长鹰栖绚子的告白：“亲爱的，和我……请和我交往吧！”。作为某位大政治家的孙女千金小姐绚子，是一个长相美丽性格能够击落彗星的少女，同时也是被称为“魔女Piatoreche”和“Piatoris的死天使”的新时代Piatoris能源使用者的天才。绚子的告白周围引发了从未有过的一片大混乱。两个人的奇妙的恋爱故事就这样轰轰烈烈地开始了……