杨秋池呈报建文余党在苗疆一案，皇上龙颜大悦，特委杨秋池重任，名则下旨令其前往苗疆为官，实则暗中追寻建文余党的踪迹，以彻底铲除建文余孽。最终在苗疆人民群众的帮助下，发现建文余党的老巢，成功抓获建文帝之子朱文奎，破灭了建文余党的复国计划。

　　杭家公子杭景枫（高昊 饰）爱上了江家千金江嘉沅（董洁 饰），然而，两家人都是杭州有名的纺织大户，互为竞争对手，无奈之下，杭景枫只能将对江嘉沅的感情隐藏在心底。徐恨（杜淳 饰）是杭景枫父亲的私生子，然而，杭老爷却将一切的责任推脱到了江老爷的头上。
　　徐恨由舅舅徐雷一手带大，徐雷对江家充满了仇恨，就在他设计想要报复江家之时，江嘉沅和徐恨之间却产生了真挚的感情，江嘉沅的腹中还怀上了徐恨的骨肉。徐雷告诉徐恨他和江嘉沅实则亲兄妹，陷入绝望之中的徐恨将徐雷杀死，自己锒铛入狱。江嘉沅生下了徐恨的孩子，遇见了善良的富商方天羽（何晟铭 饰），成为了他的侧室。

　　故事发生在明朝年间，皇后深得皇帝宠爱，且诞下龙嗣，太师庞飞（黄达亮 饰）害怕身为贵妃的妹妹因此失宠，设了一出狸猫换太子之计，害得皇后被打入冷宫，太子亦不知去向。一晃眼数十年过去，在一场科举考试之中，柳景（何贵林 饰）的养子柳生（吕颂贤 饰）本夺得了状元之位，却被庞飞的养子元旦（何宝生 饰）取而代之，柳生心中很是愤愤不平。
　　之后，柳生偶遇了妙龄少女段玉（蒋勤勤 饰），两人在阴差阳错之下结缘，彼此情愫渐生。之后，段玉之父因护送夜明珠一事遭人陷害身陷囹圄，于是段玉女扮男装混入了衙门，希望能够查明事件的真相。在衙门里，段玉和当差的柳生重逢了，然而柳生却并没有认出眼前英姿勃发的青年正是自己的爱人。

　　该剧改编自清闲丫头所著同名小说。故事延续第一部的剧情，讲述三法司少年团联手“攘外”，将一个个看似毫无关联的案件抽丝剥茧、扎根串联，护百姓安宁，更守家国平安的故事。