《钢铁飞龙2》讲述的是曾经被奥特曼打败或驱逐出地球的外星人，再度入侵。有翅膀硬了回来找奥特曼寻仇的，有越狱报复地球的，还有来刷存在感的。而这些外星人都具备各式各样的能力，地球再度陷入危机。关键时刻，钢铁飞龙小战队挺身而出，与正在归来的奥特曼一起，为保护地球安危而战斗。

　　女娲大神为了造福苍生而创造的神兵兽，在新一辑故事中再次面临挑战！黑暗势力元始天魔千方百计将神兵小将和神兽引领到神秘岛国——「山外山」；天魔希望利用神兵小将的纯洁和正义，获得「山外山」五大守护圣兽的信任，将其圣洁的力量交予问天和天晶兽；然后再指使大坏蛋——无敌盟主看准时机，从他们身上夺取圣兽的力量以解除封印，美丽的宇宙随即陷入被毁灭的恐慌之中。
　　在「山外山」旅程后，「神兽之乡」的旅程又拉开帷幕。问天等人来到神兽学校修炼，居然卷入了一场布偶战争之中——布偶王子想让所有神兽变成木偶！可是经过详细的调查，发现外表邪恶来自于布偶乐园的布偶王子，竟是宽容与纯真的兄弟！幕后主使的坏蛋三兄弟和盖世太保（把宽容等人的三兄弟分散的邪恶神兽）在布偶王子背叛他们后趁机绑架布偶王子！他们一行人又怎么克服此次困难呢？

　　唐三藏师徒取得奇经交予天庭的十六年后，世界却并没有因此变好。如今奇经下落不明，天庭派大军大肆搜寻，以天羽山之战为起点，狼妖白狼不辞万难地寻回当年取经的唐僧师徒，小队集结踏上还经之路……史上最颠覆的西游传奇便在此展开。