20世纪初的英国。孤儿院快乐长大的ナージャ，在满13岁的前几天，收到了一个包裹，里面有一件礼服及一本日记本…此外，也带来了母亲还活着的消息。 但是，接到包裹的那一天，孤儿院起了场大火，知道一切都是由於自己关系的ナージャ，决定提前离开，踏上了寻找母亲的旅程…
　　成为剧团ダンデライオン的舞者，一边跟着大家到处旅行，一边循着日记上的线索打听母亲的下落…
　　随着旅行的扩展…遇到了许多人、许多事… _
　　报社的兄弟、好心的商人、画家…以及在大火的晚上救了ナージャ的骑士-フランシス，「有一天，还会再见面吧…」ナージャ这样想着，展开了无限的旅程…
　　很久很久以前…大约一百年前…孤儿院长大的少女…面对命运之门而踏上旅程

　　TV2003重制版，是为庆祝EVA企业十周年而重置的版本，画面和音效都有提升。在TV95版的基础上重制了21-24四话重制的部分称作“Video”。加上原有的26集，03版共26话，一共30集。这个版本中21与22，23与24，25与26，27与28都是相同的内容。只不过21，23，25，27和原来一样，而22，24，26，28中增添了一些新的东西。
　　突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
　　不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。