影片聚焦“无声末世”第一天，人类尚未掌握“出声即死”的法则，在怪物面前不堪一击。数以千计的怪物从天而降，怪物数量达到系列之最，视角也从前作的乡村小镇升级到美国第一大都市——纽约，全球沦陷，人类生活的街道、地铁、超市等地都变得危机四伏，一旦出声便会被潜藏的怪物“贴脸开大”，喧嚣的纽约沦陷为一座沉默的孤城，苟活的人类在此上演一场极限大逃亡。

　　FBI特工乔（杰弗里·迪恩·摩根 Jeffrey Dean Morgan 饰）和搭档凯瑟琳（艾比·考尼什 Abbie Cornish 饰）正在调查一宗连环杀人案，此案件手段之凶残，逻辑之混乱让两名探员感到无从下手。无奈之下，他们找到了隐居多年的通灵神探约翰（安东尼·霍普金斯 Anthony Hopkins 饰），希望借助他的特异功能找到有用的线索。
　　然而，案件的凶手似乎知道了约翰的重出江湖，他不仅毫不顾忌的再度犯案，还留下了充满挑衅意味的字条。随着调查的深入，约翰逐渐发现，凶手竟然和他一样拥有通灵能力，而和他相比，自己一方显然落入了下风，丝毫没有翻身的机会。就在约翰一行人走投无路之时，凶手竟然主动献出了真身。

　　2002年冬天，横浜大桥突然被战斗机炸毁，媒体虽然报导此为自卫队战机所为，但实际上这架战机却并不存在。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤（大林隆介 配音）队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年，日本陆上自卫队的机器人 小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云（榊原良子 配音）原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰，处于戒严状态的东京面临着大骚乱，人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下，后藤（大林隆介 配音）和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉（富永美伊奈 配音）、篠原（古川登志夫 配音）等特车二课原来的成员们，启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地……
　　本片是押井守导演推出了《机动警察PATLABOR》的第二部剧场版。